順調にいろいろいじっており、一旦飽きたかなと思ったが掲題の件に気づいてしまい、そうなると放ってはおけなくなるのでした
せめてX上（ここでいうXはWindow Systemのことです）だけでもおそらくなんらかのワークアラウンドが可能なはず、、と思っていろいろ触っていたら、x-set-keysというOSSを作られている方がずばりの記事をQiitaにかかれており、DM200についての記事だったのだけど試したところ有効のようでした。
厳密には同時押しを何回もやっているとまれに誤って入力されることはありますが、普段使いの範囲では全く問題なし。

最初はクロックアップカーネルが原因かと思ってクロックアップ前のカーネルに戻したりもしましいたが（キー入力とのクロックがずれて変なものが入ってしまう、とかを想像した）が、そうではなくてもともとポメラでもそういう動作があるものをソフトウエアで問題ないようにしているのでは、とのことでした。

というわけでクロックアップも再度実施し、ほぼほぼ日本語入力環境としてX側も常用可能なレベルになってきた。

その他やりたいこと：
・Xkeymacs的なカーソル移動の最低限のEmacsキーバインド化
・IMEのON/OFFを変換無変換キーでできるようにする
・Xの起動を超早くするやり方があるようで、ちょっと試したい